整部古蘭經似乎沒有明顯的開頭、正文與結尾，不成線形結構，而是網狀結構。有些批評家認為古蘭經很不連貫，沒有按照啟示時間或主題來排序，而同樣的話又講太多次。

另外，古蘭經某些篇名並沒有在世界各地都一致。第9章為「懺悔」（At-Tauba），卻有其他傳統稱為「豁免」（Al-Bara'a）；17章是「夜行」（Al-Isra），又作「以色列的後裔」（Bani Israil）；32章「叩頭」（As-Sajda）也稱為「床」（Al-Madaji'）等。有人指出這可能透露出古蘭經早期的不同的版本間有更大的相異之處。但穆斯林認為伊斯蘭世界的總總教派只有一派是正統的，正如穆罕默德說過，大部分的穆斯林認為的就是對的。因此這無損於穆斯林的信仰。